Utilizando o JBuilder X no Linux, ao mesmo tempo que o resto da equipe usava ele no Windows, tive problemas em relação aos encodings... Estávamos perdendo acentos ao fazer commit de um lado pro outro, cada vez os arquivos ficaram mais danificados.

Comparando as janelas dos dois JBuilders, descobri que um deles estava usando codificação UTF-8 (o do Linux), enquanto o outro usava ISO-8859-1 (o do Windows).

Peguei então o do Linux, e tentei rodar o JBuilder usando a mesma codificação do Windows. A maravilha de ferramenta que é o JBuilder não tem essa opção em nenhuma janela... Perdi tempo procurando.

Por fim, encontrei um arquivo chamado jbuilder.config, dentro da pasta bin onde o JBuilder está instalado. Lá, adicionei uma entrada nova, próxima a outras semelhantes:

vmargs -Dfile.encoding=ISO-8859-1

Pronto! Meu JBuilder agora entende ISO-8859-1.

Agora só preciso percorrer todos os arquivos que eu alterei anteriormente, corrigindo os acentos...